Nació alrededor del año 1291 en el seno de una de las principales familias de la ciudad de Donauworth, Baviera, al sur de Alemania y fue educada en la casa paterna en las virtudes y en las letras.
De naturaleza tierna y apacible, y enferma durante casi toda su existencia, vivió una vida en tensión entre enfermedad y mística.
Se distinguió por una maravillosa intimidad de vida en Dios y un encantador intercambio de relaciones con Jesús Niño.
Desde pequeña desarrolló una pronunciada inclinación a la piedad.
En el año 1306, a la edad de 15 años, obtuvo de sus padres, no sin cierta pena, el favor de entrar como novicia de las monjas de la Orden de Predicadores, en el floreciente Monasterio de Medingen (Mödingen moderno, cerca de Dillingen un der Donau en Baviera) de la diócesis de Ausburgo, dedicado a la Asunción de la Virgen Madre de Dios. Una tía la suya estaba ya allí, y otras parientes la siguieron. Algunas pudieron sobrellevar las austeridades propias de la vida religiosa contemplativa, a Margarita le costó la vida monástica probablemente por su precaria salud.
Por mérito suyo Medingen se convertirá en uno de los centros de la espiritualidad dominicana.
En 1311 (tenía 20 años), después de 5 años de una vida muy inocente en el claustro, la gracia la solicitó a seguir una vida más perfecta todavía. Llamada a mayor conversión, para cumplir en todo la divina voluntad, emprendió, a ejemplo de su Padre Santo Domingo, una vida de mayor perfección, según ella misma afirma: “salvadora para sí misma, ejemplar para los hombres, agradable a los ángeles y grata a Dios”
Dios se sirvió para esto de tres grandes dolores que alcanzaron sucesivamente las diferentes partes de su cuerpo: sus ojos, su lengua, su corazón, sin que ningún remedio humano pudiera aliviarla.
Gravemente enferma y por ello la mayor parte del tiempo confinada en su lecho era consolada por Dios y llamada a cumplir en todo su divina voluntad
Incapacitada por la enfermedad para realizar grandes penitencias exteriores, Margarita se mortificó en el alimento, en el porte, en el sueño, dándose a una vida de plegaria y oración inspirada en los ciclos del año litúrgico y caracterizada por la meditación de los misterios de la vida del Señor. Se destacó por el silencio y la paciencia con que soportó sus constantes enfermedades.
Su cuerpo se venera en la iglesia de su convento, que hoy habitan las franciscanas en Médingen.
Su culto inmemorial fue confirmado y ratificado por Juan Pablo II el 24 de febrero de 1979.
De los 483 santos y 1345 beatos que durante el pontificado de Juan Pablo II fueron llevados a los altares, la primera fue la beata monja dominica Margarita Ebner con el decreto Confirmatio cultus, a los cuatro meses de ser elegido pontífice.
La imágenes en honor de Margarita Ebner la representan con aureola, presionando sobre su pecho un gran crucifijo y el Niño Jesús cerca de ella de pie sobre una mesa.
